Проверка раздела с помощью ntfsfix не возможна, т.к. при такой проблеме диск оказывается отмонтированным и не монтируется больше.
EXT4 не подходит, пока не будет добавлена поддержка в Винду.
В этом и проблема, думаю, что вы не пользуетесь качалкой. я перезагружаю роутер, пока идет запись на диск.