Сохранение однозначно было, скорее всего просто было выключено это сообщение.
Автосохранение нужно чтобы в случае рестарта устройства или transmission торрент быстро вспоминал, с какими пирами он соединялся, обмениваясь этим файлом, а также какие куски уже скачаны и проверены, а какие еще нет.
Если это мешает, уберите сообщения transmission через log suppress.
А подробней расскажите пожалуйста как через log suppress это сделать.